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manual [2009/08/27 10:09]
clare
manual [2020/07/16 11:29]
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-====== Manual ====== 
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-[[manual part 1]] - sections 2,3,4,5,6,7 
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-[[manual part 2]] - sections 8,9,10 
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-[[manual part 3]] - sections 11,12,13,14 
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-==== Contents: ==== 
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-**2        Introduction.** 
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-  * 2.1          Conventions. ​ 
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-  * 2.2          Input file example (INP format) ​ 
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-**3        Parameters. ** 
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-  * 3.1          When is a parameter refined. ​ 
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-  * 3.2          User defined parameters - the prm keyword. ​ 
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-  * 3.3          Parameter constraints. ​ 
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-  * 3.4          The local keyword. ​ 
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-  * 3.5          Reporting on equation values. ​ 
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-  * 3.6          Naming of equations. ​ 
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-  * 3.7          Parameter errors and correlation matrix. ​ 
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-  * 3.8          Default parameter limits and LIMIT_MIN / LIMIT_MAX. ​ 
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-  * 3.9          Reserved parameter names. ​ 
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-  * 3.10        Val and Change reserved parameter names. ​ 
-** 
-4        Equation Operators and Functions. ** 
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-  * 4.1          '​If'​ and nested '​if'​ statements. ​ 
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-  * 4.2          Floating point exceptions. ​ 
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-**5        The Minimization Routines. ** 
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-  * 5.1          The Marquardt method. ​ 
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-  * 5.2          Approximating the A matrix - the BFGS method. ​ 
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-  * 5.3          Line minimization and Parameter extrapolation. ​ 
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-  * 5.4          Minimizing on penalties only.  
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-  * 5.5          Summary, Iteration and Refinement Cycle. ​ 
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-  * 5.6          quick_refine and computational issues. ​ 
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-  * 5.7          Auto_T and randomize_on_errors. ​ 
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-  * 5.8          Criteria of fit.  
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-**6        Peak Generation and "​peak_type"​. ** 
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-  * 6.1          Source emission profiles. ​ 
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-  * 6.2          Peak generation and peak types. ​ 
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-  * 6.3          Convolution and the peak generation stack. ​ 
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-  * 6.4          Speed / Accuracy and peak_buffer_step. ​ 
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-**7        Miscellanous. ** 
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-  * 7.1          Instrument and sample convolutions. ​ 
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-  * 7.2          Microstructure convolutions. ​ 
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-  * 7.3          Calculation of structure factors. ​ 
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-  * 7.4          Large refinements with tens of 1000s of parameters. ​ 
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-  * 7.5          Space groups, hkls and symmetry operators. ​ 
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-  * 7.6          Site identifying strings. ​ 
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-  * 7.7          Occupancies and symmetry operators. ​ 
- 
-  * 7.8          Pawley and Le Bail extraction. ​ 
- 
-  * 7.9          Anisotropic refinement models. ​ 
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-  * 7.10        Rigid bodies and bond length restraints. ​ 
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-  * 7.11        Simulated annealing and structure determination. ​ 
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-**8        Keywords. ** 
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-  * 8.1          Data structures. ​ 
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-  * 8.2          Alphabetical listing of keywords. ​ 
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-  * 8.3          Keywords to simplify User input. ​ 
- 
-**9        Macros and Include Files. ** 
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-  * 9.1          The macro directive. ​ 
- 
-  * 9.2          Overview.. ​ 
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-**10      File types and formats. ** 
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-**11      Charge-flipping.. ** 
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-  * 11.1        Charge-flipping usage. ​ 
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-  * 11.2        Charge-flipping Investigations / Tutorials. ​ 
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-  * 11.3        Charge-flipping Examples. ​ 
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-  * 11.4        Keywords in detail. ​ 
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-**12      Indexing.. ** 
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-  * 12.1        Reprocessing solutions - DET files. ​ 
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-  * 12.2        Keywords and data structures. ​ 
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-  * 12.3        Keywords in detail. ​ 
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-  * 12.4        Identifying dominant zones. ​ 
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-  * 12.5        *** Probable causes of Failure ***  
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-  * 12.6        Unique space group hkls in Powder diffraction. ​ 
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-  * 12.7        Equations in Indexing - Background. ​ 
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-**13      Batch mode operation – TC.EXE. ** 
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-**14      References** 
  

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