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rigid_body_-_matching_to_a_known_fragment [2017/08/28 04:14]
alancoelho
rigid_body_-_matching_to_a_known_fragment [2020/07/16 11:29]
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- --- //​[[alan.coelho@bigpond.com|Alan Coelho]] 2017/08/28 04:08// 
- 
-The following example runs stand-alone;​ ie. no data files are necessary. The rotation and translation coordinates are determine in one refinement Cycle. 
- 
-Atoms types given for occupancy is for display purposes.  ​ 
- 
-<​code>​ 
-/* 
-   Rigid Body - Matching to a known fragment 
-   ​Determining rotation and translation parameters for a known fragment 
-   The known-fragment is in fractional coordinates. 
-   Doing the same for a fragment in cartesian coordinates is trivial from here. 
-*/ 
- 
-only_penalties 
-continue_after_convergence 
- 
-yobs_eqn !aac.xy = 1; min 10 max 20 del 0.02 
- 
-   ​STR(p1) 
-      a       ​6.54131 
-      b       ​7.75969 
-      c       ​9.13579 
-      al     ​96.18524 
-      be    107.23760 
-      ga    101.40126 
- 
-      view_structure 
- 
-      ' Known Fragment 
-      site Al1  x  0.24949` y  0.20782` z  0.41049` occ Al+3 1 beq 1 
-      site O1   ​x ​ 0.54370` y  0.19252` z  0.43481` occ O-2  1 beq 1 
-      site O2   x -0.04471` y  0.22313` z  0.38619` occ O-2  1 beq 1 
-      site O3   ​x ​ 0.25944` y  0.35365` z  0.25728` occ O-2  1 beq 1 
-      site O4   ​x ​ 0.23953` y  0.06199` z  0.56370` occ O-2  1 beq 1 
-      site O5   ​x ​ 0.35706` y  0.41500` z  0.56828` occ O-2  1 beq 1 
-      site O6   ​x ​ 0.14191` y  0.00063` z  0.25270` occ O-2  1 beq 1 
- 
-      ' Rigid body to fit to known fragment 
-      site wAl1  x 0 y 0 z 0 occ Zr 1  beq 1 
-      site wO1   x 0 y 0 z 0 occ C  1  beq 1 
-      site wO2   x 0 y 0 z 0 occ C  1  beq 1 
-      site wO3   x 0 y 0 z 0 occ C  1  beq 1 
-      site wO4   x 0 y 0 z 0 occ C  1  beq 1 
-      site wO5   x 0 y 0 z 0 occ C  1  beq 1 
-      site wO6   x 0 y 0 z 0 occ C  1  beq 1 
- 
-      rigid 
-         ​Octahedra(wAl1,​ wO1, wO2, wO3, wO4, wO5, wO6, 1.9) 
- 
-         macro VA { val_on_continue = Rand(-180, 180);  } 
-         ​rotate @ 0 VA qa 1 
-         ​rotate @ 0 VA qb 1 
-         ​rotate @ 0 VA qc 1 
- 
-         ​translate 
-            ta @  0 
-            tb @  0 
-            tc @  0 
- 
-      ' Probably not necessary to include all of these 
-      Distance_Restrain(Al1 wAl1, 0,0,0,1) 
-      Distance_Restrain(O1 wO1, 0,0,0,1) 
-      Distance_Restrain(O2 wO2, 0,0,0,1) 
-      Distance_Restrain(O3 wO3, 0,0,0,1) 
-      Distance_Restrain(O4 wO4, 0,0,0,1) 
-      Distance_Restrain(O5 wO5, 0,0,0,1) 
-      Distance_Restrain(O6 wO6, 0,0,0,1) 
-</​code>​ 
  

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